L’Ufficio della Conferenza permanente per i rapporti tra lo Stato, le Regioni e le Province autonome di Trento e Bolzano è incardinato nel Dipartimento per gli Affari Regionali e le autonomie ed è denominato “'Ufficio per il coordinamento delle attività della Segreteria della Conferenza permanente per i rapporti tra lo Stato, le Regioni e le Provincie autonome di Trento e Bolzano” come disposto dal DM 1 settembre 2016, Organizzazione e funzionamento del Dipartimento per gli affari regionali e le autonome locali nell'ambito della Presidenza del Consiglio dei Ministri.
Il Capo del Dipartimento assolve anche le funzioni di Segretario della Conferenza Stato-Regioni e di Segretario della Conferenza Unificata, ai sensi dell’art.3 comma 4 del D.M. 1 settembre 2016, operando alle dipendenze funzionali e secondo gli indirizzi del Presidente della Conferenza.
L’Ufficio III, diretto da un Coordinatore di livello dirigenziale generale, coordina l’attività istruttoria e lo studio dei provvedimenti all'esame delle Conferenze Stato-Regioni e Unificata e ogni altra attività necessaria per il miglior raccordo fra le amministrazioni statali, regionali e locali.
L’ufficio è articolato in cinque Servizi che svolgono attività istruttoria nei seguenti settori:
- Riforme istituzionali, finanza pubblica e rapporti internazionali
- Sanità, lavoro e politiche sociali
- Attività produttive, infrastrutture e innovazione tecnologica
- Ambiente e territorio, istruzione e ricerca
- Politiche agricole e forestali
I servizi svolgono l’istruttoria e lo studio dei provvedimenti all'esame delle Conferenze provvedendo agli adempimenti preliminari e conseguenti le sedute.
Alle dirette dipendenze del Coordinatore dell’Ufficio III opera anche una segreteria tecnica, struttura di livello non dirigenziale, con compiti di supporto istruttorio alla Conferenza (art. 8, c. 2 del DM 1 settembre 2016) e, in particolare:
- adempimenti connessi con l’organizzazione delle sedute delle Conferenze Stato-Regioni ed Unificata;
- protocollo e archiviazione della corrispondenza;
- supporto per la gestione dei sistemi informativi e le attività di monitoraggio.